投亲赶考的穷书生张子游在京城闲逛时被误认为小偷，百口末辩时幸好仙鹤观张天师的首徒堂本刚抓到真正的小偷，帮他解围，两人因而结为好友。堂本刚表示子游以后如有困难可到仙鹤观找他。二人分手后，子游前往相府投亲，原来他与当朝宰相金宠的女儿牡丹自幼订有婚约。这天恰好是宰相生日，子游原本打算直接进入相府认亲，却被门口的金家总管当作乞丐拒之门外。子游无奈，只有先去仙鹤观找堂本刚帮忙，暂时借住在观中。
相府前厅宾客满堂，后花园却一片静谧祥和。宰相之女牡丹在荷花池旁弹琴，表妹小蛮(在相府中被视为婢女)随侍在旁。荷花池中有牡丹从小就饲养的金鲤鱼和银鲤鱼，正当牡丹弹琴时，荷花池中小金鲤—小莲，经过五百年漫长时间的修炼终于成精了。小莲的母亲春花是一条修炼三千年的鲤鱼，她最大的心愿就是有朝一日小莲能和她一起飞升仙界，但是活泼调皮的小莲却只想快快乐乐的生活。刚刚修炼成精的她被宰相府热闹的场面所吸引，想离开沉闷的水底世界游戏人间，并去看看她的好朋友牡丹，春花为了庆祝小莲修炼成精，同意了她的提议。小莲看到牡丹房內诸多的首饰、珠宝，又有许多奴婢伺候，不禁羡慕起牡丹的生活。
深夜，仙鹤观的炼丹禁地突然冒出万丈光芒，原来是天师教宝物—元牝珠炼成出炉，张天师走出炼丹房时发现了子游，突然心有所感，探问子游的生辰八字，不禁摇头叹气，堂本刚和子游都大为不解，张天师解释说据他推测元牝珠诞生之日，会有一个教外人士在场，而这个人会与他为了元牝珠纠缠不清。元牝珠诞生时所散发的光芒被春花和小莲看到，为了早日飞升成仙，春花决定带小莲前去盗宝。
这日，镇国大将军江无畴携子江云飞为祈求与辽国的战事顺利来到观中做法事。仙鹤观内人声鼎沸，春花和小莲趁着大家不注意时溜进仙鹤观的藏宝禁地。虽然张天师为了避免元牝珠被盗已经设下符咒，但春花很快就施展法力将法咒解除，不料在旁边一直伺机而动的蚌精明珠抢先一步进入了禁地深处，却被机关所困。小莲不忍，求春花解救蚌精。有了明珠掉进机关的前车之鉴，春花更为小心，安全的进入禁地中心，看到了位于九面铜镜阵中的元牝珠，这九面铜镜盛纳了元牝珠的能量，并且借由日光来守护元牝珠。当春花与小莲好不容易拿到元牝珠时，明珠却顺势将其抢走。此时张天师赶到禁地，与正要离去的蚌精、春花、小莲相遇，双方大打出手。春花虽夺到元牝珠但却不是张天师的敌手，危急时刻，小莲以子游为人质要挟天师放了春花。自此，她的命运便和这个书生纠缠在一起了。
子游来到相府，向金宠表明身份，不料金宠嫌贫爱富，眼见子游父母双亡、家道中落，仍是一介白衣，不仅有退婚之意，更要将女儿另嫁将军之子江云飞。因此对子游刻意冷落，希望他知难而退。热情善良的小莲化作彩蝶将子游引至后花园与牡丹相会。两个年轻人一见钟情。子游饱读诗书，却受到相府恶仆白眼，欲拂袖而去，此时牡丹也得知父亲意欲悔婚，她不愿背信弃义，因此私会子游，鼓励他金榜题名娶自己。子游深受鼓舞，决定留下来。小莲看着一对有情人山盟海誓，也深受感动。自此，子游和牡丹常在小蛮安排下约会，偶有险境，亦得到小莲暗中施法解困，安然渡过难关。想不到此事却被江云飞察觉。云飞一直想通过两家联姻巩固自己在朝廷中的势力。因此，他一面不露声色地稳住牡丹与子游，表示愿为了牡丹的幸福而成全二人，另一面却又和金宠密谋设计陷害子游，离间二人感情，金宠借口子游伤风败俗，痛打子游。软禁牡丹，牡丹忧心如焚，抑郁成病，药石无灵，一对有情人被活生生拆散。
小莲将奄奄一息的子游带到山神庙救治，转眼到了金江两家行聘之日，急得象热锅上蚂蚁的子游在相府外徘徊，想要入内却苦无良计。小莲假扮相府仆人用法力帮助子游进入相府。相府内江无畴、江云飞与金宠、金夫人酒酣耳热时，子游突然出现，众人为之愕然。云飞指责子游不知好歹，说子游如有本事打赢他，才有资格跟他争牡丹。子游不懂武功，根本不是云飞敌手，只有被打的份儿。暗里躲着的小莲看得咬牙切齿，忙施法术，暂时上了子游的身，同云飞大打起来。云飞武艺高强，小莲被打出子游体外，元气大伤。子游则惨被狂殴。此时，牡丹突然出现，高呼停手，子游喜见牡丹相救，以为事有转机。不料牡丹竟叫他不要再痴心妄想，声称子游配不上自己。子游大受打击，含恨离去。牡丹再度病倒，原来一切都是牡丹为救子游所说的违心话。
小莲为子游和牡丹之事又气又急，冲动之下附上了牡丹的身体，带她去找子游。牡丹突然出现在子游面前并向他提出私奔，子游大惊，认为私奔有违礼教，有辱自己的名声，小莲被子游的迂腐气个半死，出手打了子游一顿，后索性把子游打晕，让他以为发了一场梦。小莲附在牡丹的驱体内，带她回相府，此时相府已发现牡丹失踪，金宠更因怀疑牡丹离家出走而震怒。金宠审问牡丹，仍在牡丹体内的小莲忍不住跟金宠辩论起来，把金宠顶撞得无话可说，气得头顶冒烟。小莲大闹相府，连府中下人都无法制服她。金宠、夫人、小蛮都十分惊诧，眼前这人根本就不像是牡丹。小莲由于附在牡丹身上太久伤了元气，只好回到水底养伤。金宠等人赶到时，见牡丹已晕倒荷花池边。牡丹的怪异举止引起了家人的怀疑，金宠提议请张天师前来做法驱邪。水府中春花责怪小莲做事草率，不计后果，终于闯了大祸引来了张天师。正当二人要离开相府避难时，张天师和堂本刚杀到。春花仗着三千年道行和腹内元牝珠的威力，险胜张天师，成功带小莲撤退。张天师在相府开坛做法以除去牡丹身上的妖气，牡丹因为身体虚弱体力不支而晕倒。张天师吩咐金宠在府邸各处贴上灵符以防妖精再犯。并留下堂本刚坐镇保护相府。
子游在山神庙内吹笛排遣心中郁闷，趁着微弱火光，看到山神神像，忍不住对神像倾诉心事：自己的出身、自己的遭遇、被宰相折辱、被爱人背弃，小莲见到子游的傻相，只觉好笑。小莲戏弄子游，子游以为有鬼，吓得半死，不住地求山神保佑。小莲又以牡丹的模样出现在子游眼前，说自己决定要做子游的妻子，现在就同他拜堂成亲，然后洞房花烛。子游惊诧，大叫使不得。小莲收起顽皮本色，告诉子游这其实是个梦，她是牡丹的另一面，是特意来向子游报信的，因为她现在在家中病重垂死，而且很快就要嫁给江云飞，很想见他一面，子游一觉醒来，回想起昨夜所梦，决定去相府一探究竟。子游扮做侍卫想混入相府，奈何相府戒备森严。小莲欲助子游，却被张天师的符咒震开，不得要领。此时，金宠乘轿回府，小莲小施法术，使子游顺利混入府中。子游找到牡丹闺房，被堂本刚发现，堂认出了子游，碰巧小蛮来到，说服堂本刚让子游进了闺房。牡丹见到子游，如在梦中，又惊又喜。子游温柔细心地喂牡丹吃药，两人情浓似酒，好不缠绵。堂本刚为二人真情所动。决定鼎力相助二人私奔。不料却被云飞发现，金宠欲置子游于死地，但为了不影响第二天的婚礼，于是将子游暂押开封府大牢。
小莲跟踪云飞，发现他步入一幢小楼。原来云飞早有情人紫嫣并将她金屋藏娇多年。深夜，小莲潜进开封府大牢，用法术蒙闭了守卫的眼睛，又以梦中牡丹的身份出现在子游面前，叫子游无论如何要去抢新娘，神仙会带他和牡丹远走高飞，子游醒来，疑幻疑真，但见囚室门竟然大开，子游以为真有神仙相助，顺利逃出大牢。
第二天，气若游丝的牡丹在小蛮的搀扶下上了花轿，花轿抬到将军府门前，紫嫣突现人群中。指责云飞忘情负义。原来小莲用隐身术站在紫嫣旁，把她迷住了，紫嫣向众人指证自己同云飞的关系。云飞又愕又气，为了保住自己的名誉不惜翻脸，指紫嫣是疯妇。此时，子游与堂本刚来劫花轿，双方大打出手，子游在春花、小莲的帮助下，终于劫走了花轿。子游带着花轿来到安全地带，打开轿门，只见小蛮呆呆地抱着没有知觉的牡丹满面泪水。原来牡丹已在轿中香消玉陨。
小莲万万没有料到子游和牡丹竟是这般结局，心有不甘。阎王手下来接牡丹魂魄，称牡丹阳寿已尽，和张子游注定是有缘无份。小莲欲出手阻拦，被春花制止。小莲见子游伤心欲绝，心有不忍，竟不顾春花阻拦，毅然飞身进入牡丹体内。牡丹在子游怀中悠然醒转过来，子游惊喜万分。此时，云飞带兵赶到，小莲施法将子游带至千里之外的深山中。
小莲怕子游无法面对牡丹死亡的事实，在施法保存牡丹尸身后，决定幻化成牡丹模样安慰照顾他。子游醒来，发现自己与“牡丹”身处山中十分不解，小莲以牡丹身份骗他说是神仙搭救了他们。自此，一个鲤鱼精和一个忠厚的书生就象模象样地谈起了恋爱。子游不明白端庄含蓄的牡丹何以变得古怪精灵，而不明白人间情爱事的小莲初坠爱河，笑话不断。小莲把子游拉至小溪，邀他一起洗澡。子游惊愕，男女授受不亲，怎可一同沐浴。小莲马上拉着子游跪下，立时拜堂，然后宣布二人已是夫妻，可以一同洗澡，说着就在子游面前宽衣。子游吓得转身便跑。夜晚，子游在篝火旁为今后的日子犯愁，为了逗他开心，小莲施法将屋前池水变成美酒邀子游共饮。不知不觉中二人均有醉意。子游情不自禁地吻了小莲一下。这是小莲有生以来的第一次接吻，只觉全身火热发烫，心跳加速，感觉好象全身似着火一般，吓得飞奔出了屋外，噗通一声跳入小溪里。小莲时常用一些小法术逗子游开心，而子游在她开朗豁达的性格影响下也放开了自己的胸襟，做了很多以前不会去做的事，同时也更加深爱这个活泼调皮的“牡丹”。小莲对子游日久生情，愈发不愿离开他。
一日小莲趁子游熟睡之机返回相府，扮作金宠的样貌帮助堂本刚救出困在相府中受罚的小蛮。小蛮被堂本刚收留在仙鹤观中，小莲放心地回到山上。不料子游早上醒来。因不见牡丹踪影而四处寻找，误入山妖洞穴。危急时刻，小莲赶到，救出早已昏倒的子游。而后又称是神仙再次相救，并拿出能令人心想事成的“神仙棒” 做证。对于牡丹性情的改变，子游疑惑不解，小莲宣称现在的自己才是真正的“牡丹”，子游释然。经历此番劫难，子游与“牡丹”感情更加深厚。子游向“牡丹” 求婚，两人在花神的见证下拜堂成亲，在深山中过着无忧无虑的神仙生活。
春光明媚，子游闲读诗书，无聊的小莲略施法术，让子游追赶飞跑的诗书来到一片牡丹花丛。小莲与子游在花丛中嬉戏，不小心暴露了自己的真实模样。子游诧异，小莲骗他说这是在他梦中，称自己是牡丹的前世—牡丹仙子，因与子游有宿世姻缘所以才投胎转世做了宰相千金，与他今世结为夫妇，双宿双栖，成就天作之合。为了使子游信服，小莲带着子游遨游天地，待子游睁开双眼，不由得相信刚才发生的一切只是一场幻觉。夜晚，子游与小莲酒池嬉戏，小莲因醉酒而未能及时回到潭水中，身上泛起片片鱼鳞。为了隐瞒真相，小莲谎称自己起了疹子要去水潭沐浴。子游在家等待多时不见“牡丹”归来，又见大雨滂沱，于是来到潭边寻找，小莲因鱼鳞未褪只能躲在水中。子游遍寻“牡丹”不见，以为她被山妖所害，于是跳入山妖洞穴，愿与“牡丹”同生共死。山妖告诉子游他的妻子并非牡丹而是鲤鱼精化身。子游不信。山妖欲加害子游，幸得小莲及时现身救出子游。小莲向子游坦言自己并非神仙而是牡丹好友鲤鱼精。子游追问她是否附身在牡丹身上，小莲矢口否认。子游回到家中，看到焦急等他的“牡丹”放下心来。小莲心中暗自庆幸又一次瞒住了子游。
然而小莲与子游私定终身的事终于被母亲春花得知，它以子游的性命威胁小莲随她回到洞庭湖修身养性，走成仙之路。小莲无奈，由于不忍子游伤心，竟大闹地府想带回牡丹魂魄让其还阳与子游共结连理，但还是失败了。翌日，子游醒来，见牡丹尸体，大恸。
蚌精明珠曾与小莲有约，当春花在五星连珠时利用元牝珠飞升成仙后，小莲将放弃元牝珠并转赠于明珠，眼见小莲被春花带走，自己成仙之事被破坏，明珠心有不甘，于是化身成花神模样称牡丹魂魄被洞庭湖母夜叉抓走，子游在其指引下取得观音圣水来到洞庭湖底相救“牡丹”。此时，洞庭湖底的小莲也无时无刻不思念着子游，眼见子游到来与母亲相斗，她最终选择与子游回到深山。
但云飞并未就此罢休，他拜张天师为师，用法术驱使恶鬼追捕子游魂魄，为救心上人，小莲找云飞斗法不敌，元气大伤，现出原形，子游吓得逃走晕死过去。小莲醒来因不忍损害子游阳寿而未将这段记忆从其脑海中删去，只是骗子游说这是他病中的一场噩梦，但子游仍是半信半疑，回想牡丹种种变化以及山妖的话，子游对小莲的身份起了疑心，暗中观察下终于发现了小莲的身份。
子游无法接受眼前的事实，更不听小莲解释，误会小莲害死牡丹又来害自己，也痛恨自己居然与“妖精”结成夫妻。子游为了摆脱笑脸不惜撞树自尽，小莲为了他的安全只好送他回家乡，谁知子游为了履行与牡丹的生死之约，来到父母坟前答谢养育大恩后竟服毒自尽，幸被在一旁暗中保护他的小莲相救。子游在奈何桥上遇见牡丹魂魄，牡丹告诉子游自己并非小莲所害，并称与子游已缘尽今生。希望他能好好珍惜与小莲的情缘。子游醒来，以为刚才的一切又是小莲假冒牡丹所为，于是逃进观音庙以躲避小莲。痴心的小莲在庙外日夜守侯。子游听见小莲弹起牡丹旧日的琴曲，不由得想起昔日与牡丹琴瑟合奏，与小莲的美好时光，子游心乱如麻，不能自己，决定上京到相府自首。小莲不忍其自寻死路施法阻拦。而此时的子游也在不知不觉中开始怀念与小莲在深山中的快乐时光。为了与小莲决断，子游跳崖自尽，小莲不顾一切也跳了下去，又救了子游一命。却不幸遇上前来寻找元牝珠的张天师一行。小莲负伤逃走。子游则成了张天师的俘虏。
张天师受江云飞的蛊惑，以子游为饵抓到了小莲，决定利用她逼春花交出元牝珠。子游对于自己出卖小莲深感愧疚，但又因惧怕人妖殊途而对于是否放了小莲犹豫不决。深夜，牡丹魂魄前来托梦，点醒子游心中最爱乃是小莲。子游醒来，见掌心中“牡丹”二字终明白自己心中真爱，决定救出小莲。
小莲在子游帮助下顺利逃脱，回到洞庭湖向母亲春花报信，母女和好如初。春花欲带小莲一起飞升，但小莲却放心不下子游，宁可做个凡人。春花为成全小莲心愿寻求洞庭湖仙子的帮助。得知小莲如要变成凡人，必须在催生物的作用下于五星连珠时吞下元牝珠。春花决定放弃成仙，牺牲自己三千年的道行作为催生物成全小莲，但小莲却不忍伤害母亲而拒绝化身成人。五星连珠迫在眉睫，此时张天师业已赶到。春花在洞庭湖仙子的帮助下，终于完成了小莲成为凡人的愿望。而为了保护女儿的安全，春花最终在张天师的剑下魂飞魄散。
小莲虽然已成为凡人，却要付出代价：再次得到子游的爱并与他再次成亲以及保护好体内的元牝珠，二者缺一不可，否则就会魂飞魄散、灰飞烟灭。此外由于元牝珠的巨大能量，她还要忍受随时而来的腹痛。李家村善良的阿牛母子二人收留了昏倒在村口的小莲，而此时的小莲虽已成为凡人但却失去了前世的记忆。张天师告诉大家小莲已飞生成仙，子游心中若有所失。夜晚，子游在河边思念小莲，他再也无法逃避自己深爱小莲的事实。而千里之外的小莲虽已失忆但脑中却时常浮现子游的身影，对此小莲心感疑惑。江云飞骗取张天师的信任，学得高深法术—隐身术与易容术。堂本刚与小蛮劝告张天师要提防云飞的险恶用心，但天师却置之不理。
子游失去小莲生无可恋，到相府投案自首。金宠奏明皇上要将子游斩首示众。张天师想通过子游追查元牝珠的下落。江云飞也想得到元牝珠达到长生不老飞升成仙的目的，遂趁机救了子游。张天师坚信小莲一定会来找子游，因而将子游囚在观内。
月圆之夜，张天师想起了去世多年的妻子，不由悲从心生。子游也在想念小莲。二人惺惺相惜，借酒浇愁。洞庭湖仙子托梦给子游，告之小莲并未成仙而是化身成人。而他必须在三日内赶到一千里以外的清水镇李家村找到小莲，否则小莲必死无疑。最后仙子赠他一只金笛并告诉他爱情的力量会助他克服一切困难。子游醒来，发现自己手持金笛已经离开了仙鹤观，于是踏上了艰难的寻妻之路。可三日行一千里路又谈何容易。千里之外的李家村，阿牛母子半年来一直照顾着失忆的小莲。阿牛对小莲关怀备至、情深意切。但小莲却由于失忆因而对自己与阿牛的婚事感到顾虑不安。小莲腹痛发作，阿牛在一旁细心照料，他告诉小莲待他们成亲后就去寻访名医治疗小莲的腹痛怪疾。小莲睡梦中呼唤着子游的名字，醒来后隐隐觉得自己必与此人有密切关系。而此时的子游正一路飞奔向李家村赶来。他路遇放马老汉，凭借洞庭湖仙子所赠金笛借到千里神驹。不料马儿只驮他到八百里外的河边就弃他而去。子游无奈，只好抱着一根浮木过河，险些淹死。当他醒来后又立即向李家村奔去。烈日炎炎，子游口干舌燥、步履蹒跚，最终晕倒在树林里。次日，路人叫醒子游，他问明李家村的方向，决定抄捷径翻越高山。不料他千心万苦翻过山顶竟来到一处绝壁。凭借着自己对小莲的真爱，子游义无返顾地跳了下去，醒来后发现自己终于到了李家村。经过多方打听，子游终于及时地阻止了小莲与阿牛的婚礼。
阿牛欲将子游赶出李家村，小莲坦言自己虽失忆但子游却是她唯一的记忆。面对与自己相爱的人相见却不相识，子游无语问苍天，是否造化弄人。他向小莲和阿牛讲述了他与小莲的故事。小莲对此感到不可思议。阿牛不相信子游的话，将小莲带回家。深夜，子游吹起金笛，悦耳的笛声让小莲备感温暖亲切。但她不愿辜负阿牛母子的再生之恩，决定嫁给阿牛。子游劝说小莲，阿牛与他发生争吵，争执中小莲腹痛再次发作，幸亏子游吹起金笛减轻痛楚。笛声中小莲回想起与子游的前世情缘。一对有情人终于相认。张天师从山神处打听到小莲吞下元牝珠变成人类，决定前往李家村拿回宝珠。恢复记忆的小莲为了报恩决定留下来照顾阿牛母子。阿牛却决定成全他们。此时张天师赶到欲取走小莲腹内的元牝珠，却不想被堂本刚和小蛮阻拦。以至让江云飞夺得先机。
原来江云飞一直垂涎于元牝珠，此次骗说张天师自己军务繁忙不能同行，暗中却运用隐身术伺机偷取宝物。与此同时，蚌精明珠对元牝珠也志在必得。云飞与明珠联手杀害阿牛母子并冒充阿牛从小莲身上盗得元牝珠。张天师也中了云飞的毒箭。失去宝珠的小莲生命垂危，如三日内不能得回宝珠将有性命之忧。张天师元神出壳寻找宝珠。令堂本刚和小蛮留下保护自己的肉身。夜晚，妖精前来侵犯天师肉身，多亏子游的笛声激发出堂本刚的降妖潜质。打败了妖精。张天师终于找到云飞藏身之处。不料云飞得到元牝珠后不仅法力大增，同时还骗取明珠的凡心学会了吸血食魂大法，继而吸食明珠的魂魄成为魔道。天师误中云飞诡计，元神被打成重伤。幸亏堂本刚及时唤回元神。但云飞却尾随而至。面临险境，堂本刚在师傅和小蛮的鼓励及子游笛声的帮助下终于突破自我，击退云飞，夺回元牝珠。张天师此刻方才领悟人魔间一线之差的道理。他被子游与小莲的真情感动，决定牺牲自己成全二人。小莲复活，而张天师却生命垂危。临终前张天师向众人道出堂本刚的身世之迷。原来堂本刚是张天师的亲生儿子，自幼具有令妖魔害怕的异能。但由于年幼时亲眼目睹母亲被妖魔害死因而留下心灵阴影，同时也丧失了这项异能，成为胆小怕事之徒。天师痛失爱妻，不忍再伤害儿子，勾起幼时可怕的回忆，遂加入天师教，以斩妖除魔为己任，并对他以师徒相称。堂本刚与天师父子相认后，天师身亡。
子游与小莲历尽磨难终成眷属，二人决定归隐山林。堂本刚与小蛮则准备带着张天师骨灰回仙鹤观。谁知云飞却尾随其后，誓夺元牝珠。子游与小莲身受重伤。关键时刻堂本刚却由于懦弱失去了与云飞决斗的勇气。元牝珠再次被云飞夺走。子游与小莲面带微笑相拥而死。两位好友的死深深震撼着堂本刚，张天师的在天之灵也鼓励他勇敢地肩负起斩妖除魔的任务。他最终鼓起勇气将云飞彻底消灭。
自此，堂本刚在小蛮的陪伴下周游四海，除魔卫道。时光荏苒，三年后，二人来到子游与小莲合葬的坟前扫墓，依稀又听到子游那熟悉的笛声，二人循音而至，青山绿水中，千波荡漾间，小莲在子游的笛声下翩翩起舞。
