特殊使命剧情讲述了一个“无间道”式的中共特工因与组织失去联系,单枪匹马在敌人情报系统内部奋战十多年的谍战故事。
巩向光，中共地下党员，受命在国民党部队中发展外围组织，因叛徒出卖，为救25名积极分子的生命，陷入国民党特务的阴谋之中，被迫脱党加入中统，成为特务头子余沁斋的妹夫，但一直对党忠心不变，除了全力对付日本特务以外，没抓过一个共产党人，并在与日特的较量中立有功勋。抗战时期被中统派到西安，任中统陕室负责人。
特殊使命剧照
巩向光的老同学秦剑此时已是中共驻西安情报站负责人，双方从昔日的兄弟变成了事实上的对手。但巩向光“身在曹营心在汉”，时刻都想回到组织的怀抱，暗中为中共渭城地下组织做了大量工作，使得地下组织一次次化险为夷，一个个任务也圆满完成。
但在那个特殊的年代里，巩向光要求重新加入组织的心愿一直未能实现，每到关键时刻，总有不曾预料的事件发生，使他的形象在地下党的眼中变得模糊不清。巩向光只能忍着巨大的委屈，甚至忍受着自己同志反复追杀的危险，默默地为中共地下组织作着只有他心里自知的贡献。
