一代军师剧情讲述了有着天纵奇才和外柔内刚个性的江哲，本只想做一个胸无大志、随波逐流的平民。为了生计，无奈参加科考，却一举夺魁，入朝南楚，成为一代军师的故事。
雁朝末年，群雄割鹿。女娲留在人间的护土神玉在战争中遭到破坏，从此河流倒灌，土地崩裂，雁朝销声匿迹，直到多年后才形成了大雍、南楚、北汉、天蜀四国鼎力的局势。南楚国人江哲是享誉盛名的状元才子，国难当头本欲誓死尽忠，却惨遭国主遗弃。为妻复仇他踏入权利的漩涡，虽几番推拒，终被雍王李贽诚心所打动，助其夺取帝位。当面对长乐公主的爱慕，他为国为民几度掩饰真心。为黎民福祉所计，他不得不与昔日的爱徒陆灿对阵沙场。
在动荡中，各国的江湖组织及情报系统为保江山，使出了种种奇谋妙计，而江哲也在不断的历练和挑战中终成一代军师。然而就在天下甫定之时，江哲却发现了一个关于当年护土神玉背后的阴谋。
