G12特别行动组未来战士剧情讲述了一群特种兵日常训练、执行任务的故事，情节紧凑，节奏感十足，并首次尝试将游戏模式引入电视剧拍摄，为国内首创。
恐怖组织头目泰格等劫持周教授、舒南希，穆野任特别行动组G12组长，营救行动中周教授死亡，他们带舒南希穿越丛林返回。泰格再次劫持舒南希不成，抓走吴桐。穆野拿密钥换回吴桐，却被泰格抓到鳄鱼基地接受药物FUT实验。鳄鱼想用药物控制穆野进行恐怖活动，穆野以坚强的毅力破坏了鳄鱼行动。G12营救穆野，击毙鳄鱼，捣毁工厂，为此队员严立森和小葵牺牲。
泰格挟持唐中强教授为人质以换回其成员美雅，G12予以保护和解救唐教授，恐怖分子刘国正从唐教授处得知父亲死亡真相，以炸弹威胁G12。G12击毙泰格，逮捕刘国滨。陈志平牺牲。现实中，张皓克服困难研发《G12特别行动组》的训练软件获得成功，与父亲和解，与设计师萧萧相爱，完成了哥哥的遗愿。
