百草芊芊剧情讲述清代某朝，三岁的芙蓉格格在被抄家时，先是被葛太医相救，后又被九门提督铁战救下，并认作女儿带回提督府，起名雨芊。钮中堂担心皇上追责，一直寻找芙蓉格格并欲杀之。收留雨芊的铁战一家亦有欺君死罪。
雨芊因葛太医而学习中医药。铁战担心暴露身份，禁止雨芊学医。雨芊苦学不辍，成为一个有着仁心仁术的医者。雨芊与铁战之子福隆产生了爱情，却因自己的身世，担心影响福隆的安危，断然割断与福隆的情感，而深陷于情感的痛苦之渊。
铁战一家被钮中堂陷害，雨芊冒险进宫，终感化皇上，释放铁战一家。钮中堂当年陷害废太子谋逆的阴谋败露，被皇上处死。雨芊放弃在宫中当格格，回到民间行医治病，乐在其中。
