暴风眼剧情聚焦当代都市背景下的国家安全战线，讲述了以安静和马尚为代表的国安人员，努力侦破技术窃取案件，保护国家稀有资源不被境外势力走私交易的故事。国安侦察员安静和马尚相互配合，身在侦察第一线的安静，和在后方与敌对势力周旋的马尚，二人在案件侦破的过程中双线协作，合力捍卫国家利益。
国安侦查员马尚执行一项特别侦查任务，奉命跟踪境外间谍陈灿前往双清市。在监控侦查的过程中，马尚发现陈灿只是跨国间谍组织中底层的小人物，该间谍组织倾巢出动，目的是盗取鼎华集团自主研发的“DS材料人工合成技术”。
由于案情特殊，上级直接将马尚下派到双清市，与市局展开并组侦查。行动代号为“暴风眼”。并组之后，马尚发现市局行动队队长居然是中学同窗安静，十年前安静不辞而别，让马尚一直难以释怀。
随着侦查工作的推进，马尚和安静得悉代号“沉睡者”的间谍长期潜伏在鼎华集团内部，而且鼎华高层中也存在着被腐化收买的可能。历经重重考验，马尚和安静协力同心抽丝拨茧，多次于紧要关头力挽狂澜。最终，国安战士成功抓获“沉睡者”，并将其幕后间谍组织一网打尽，捍卫了祖国的利益与尊严。
