上古密约剧情讲述了上古时代，九婴乱世，金木水火土五官自我牺牲、合力退敌的故事。最终，他们舍生取义以身锁妖，再一次履行了千年前许下的保卫天下的约定。
上古时期九婴危害人间，金木水火土五正神官牺牲自我、合力锁住九婴。金正意外存活，其他四神散落人间。千年后，由百里氏建立的峳国与琅族征伐不断，峳皇幼年继位，其母贺氏辅政，重用外戚之风日盛，宗室亲脉平原王之子百里鸿煊和百里鸿烁惨遭猜忌。
琅族的新首领明夜枫发现了平原王之女百里鸿熠的真实身份，身世秘密将百里氏推向叛国深渊。此时，金正发现九婴即将冲破封印，于是想方设法历练其它四神，唤醒其灵力，重灭九婴。最终，五神在鸿烁和鸿熠的带领下，再次履行了千年前保卫天下的约定，让世间重获安定。
