乾隆听了皇后所说之事后，表面上虽不以为意，心中却不免有些怀疑，遂决定亲自至漱芳斋一探究竟。乾隆原以为会在漱芳斋内看见荒唐无礼教的一幕，不料漱芳斋内的情景却祥和地令人羡慕。紫薇正在弹琴唱歌，小燕子则在一旁陪着她，待乾隆加入她们后，更加对紫薇琴棋诗画样样精通的才情折服不已。
在言谈中，紫薇不禁意地谈到了自己的父母，乾隆虽不知紫薇便是自己的亲生骨肉，但在举手投足间所流露出的关爱，却已让紫薇感动万分。就这样，乾隆在漱芳斋内渡过一夜，直至天明，也让小燕子等人对于真相大白的一日，渐渐有了希望。
乾隆对于小燕子愈是宠爱，皇后对于小燕子和紫薇的来历便更加地猜忌，于是派了容嬷嬷时时监视着两人的举动。
终于小燕子忍无可忍，仗着有永琪撑腰，当着众人的面，狠狠地教训了容嬷嬷一顿。小燕子冲动的行为，不但使得小燕子和皇后间的关系更形恶化，也为紫薇在宫中的生活，种下了一层深深的隐忧。
乾隆有了带着永琪、尔康、尔泰“微服出巡”的想法，小燕子得知后便直嚷着也要去。就在这同时，皇后居然派了几个小太监，趁着小燕子不在，不顾漱芳斋内众人的阻挡，将紫薇强押至坤宁宫。
皇后对于紫薇的来历早有怀疑，认为小燕子和紫薇之间必有阴谋，加上容嬷嬷早对紫薇怀恨在心，居然私下便对紫薇刑求，紫薇虽被折磨的不成人形，却依旧没对皇后透露小燕子的真实身份。
小燕子得知紫薇被皇后带走之事大惊，连忙和永琪等人至坤宁宫找皇后要人，不料皇后却推说早已让紫薇回去了。众人无奈之下，竟决议由永琪、尔康、尔泰三人夜探坤宁宫，好得知事实真相。
是夜，尔康等人果然在坤宁宫中发现了伤痕累累的紫薇，尔康心疼，但仍接受众人的建议，隔日再救紫薇。小燕子一早便至寝宫向乾隆求情，乾隆对于皇后此举大惊，连忙至坤宁宫质问皇后。皇后本不愿意认帐，但永琪等人以亲眼在此见到遍体鳞伤的紫薇为由，终于说服乾隆，救出了紫薇，也狠狠地给了容嬷嬷一番教训。
紫薇在皇后的严刑拷打下遍体鳞伤，幸得乾隆前来援救，一条小命终给保住，乾隆也亲眼见识到了后宫的黑暗与残酷，盛怒的他严惩容嬷嬷并且下令尔康派高手保护漱芳斋，并与皇后言明自己对小燕子与紫薇的喜爱，希望皇后能够退让一步。
小燕子为了保护自己与漱芳斋中的每一个人，因此要求大家一齐和她学武，紫薇在乾隆的关怀与呵护下越发陷入难以割舍的『父女亲情』中，而一旁的尔康则是担心乾隆对紫薇的心意暧昧不明，一心想将紫薇带离皇宫。
乾隆打算带紫薇与小燕子微服出巡，突然间，乾隆问小燕子是否愿意婚配给尔康，现场众人均感到惊恐，此时，永琪才知尔泰也喜欢小燕子，两人为了手足情相互退让，但因为尔泰心知小燕子喜欢永琪，因此言明退让，三人打算在此次微服出巡时，为紫薇与小燕子争取特赦令，并且想办法找个适当时机，说出真相，不过尔康心中仍为乾隆对紫薇的态度惶惶不安，因此他着急地想说出真相┅┅
永琪、尔康、尔泰，一方面担心乾隆将紫薇纳入后宫，一方面也担心小燕子欺君的事实将惹来杀身之祸，一行人在出巡的路上便极力设法让小燕子、紫薇讨乾隆开心，希望能获得乾隆承诺于两人『特赦令』再将紫薇才是真正的还珠格格一事说出，让两人各归其位。
然而，小燕子却三翻两次，成事不足地破坏了众人讨好乾隆的计画，幸得紫薇机智的反应，才让情事转危为安。众人因祸得福地，及让小燕子要宝逗乾隆开心，也让紫薇的聪慧得以发挥，使乾隆对他夸目相看。
话说一行人走到一个城镇，城里一个大户人家正举行抛绣球招亲，热闹异常，众人好奇趋前观看，顽皮的小燕子，眼看招亲的姑娘貌美，又看到有如此多人要抢的那个绣球，一时技痒，便纵身一跃，抓到绣球，往永琪抛去。永琪一惊，又将绣球又拨还给小燕子，两人你来我往之时，一个偏了，只见绣球直往人群旁的一个乞讨少年飘去┅┅
