那支枪是特务的。因为天色已晚，只有肖克一人仍然紧追不舍，和大部队失去了联系，反而落在特务们的包围中，黄飞虎让龙飞当众人的面杀死肖克，龙飞艰难地举起枪将肖克一枪击倒在地，叶蕾听到枪声赶来，看到肖克已倒在了血泊中。黄飞虎等继续向山中行动，众人分散到特务村的各家各户安顿下来，白蔷与龙飞住在山中，龙飞神情恍惚。
肖克被叶蕾送到医院抢救，在医生的努力和叶蕾的看护下抢救过来，肖克接受上级任命，全力追缴特务组织，他发出的第一道命令就是通缉龙飞，龙飞由于失去朋友、妻子情绪很低落，和白蔷无端争吵了起来，失手打了白蔷。赵处长让大家认真总结一下这次行动失败的原因。
山中营地通过电台接到一个代号叫“吉祥”的人发来的命令，要求全体人员按兵不动，等待梅花图的出现，龙飞听到消息后更加着急，寻找机会下山求援，一番惊心动魄的洞穴历险，龙飞终于摸下了山，白蔷发现龙飞独自下山，没有通知手下便悄悄跟了下来。龙飞摸进城里后没想到到处都是通缉他的通缉令，于是撤到医院看肖克。
龙飞探望中枪在医院的肖克，叶蕾这时进来，用枪对准龙飞。龙飞反以叶蕾作人质才得以逃出。龙飞来到南云墓前，梅香出现，她告诉龙飞南云是她的姐姐，这时公安来搜捕龙飞，龙飞将南云和梅香的照片放在墓前。
梅香在小河边向龙飞讲起了白家三姐妹的事，南云是她的姐姐，叫白薇，她叫白蔷，她还有一个小妹妹叫白蕾。讲起她们小时候的事还有白家老宅以及他们身上的梅花，虽然是同父异母的姐姐却没见过几次面。
三号命令的二级行动是细菌战——鼠疫。黄飞虎对这种下九流的行动计划嗤之以鼻，拒不执行。他和龙飞被关。肖克的调查在进行，他们发现南云的真相，原来她不仅没有死，而且也是个特务。
南云用脱身法潜伏在尼姑庵。特务村鼠疫流行，有人还因此死亡。一时间人心惶惶。梅香来迎接黄飞虎和龙飞，他们三个商量哗变，取得了山寨的控制权。
三人再次约见神秘三号。肖克的会议在开着，根据了解的情况，范围缩小到梅山县是特务山寨。南云的特务身份进一步确定。肖克来到叶蕾家吃饭，叶蕾的爸爸叶枫和妈妈都非常殷情地款待他，肖克走了以后，爸爸开玩笑问她，你是不是和他谈恋爱了?叶蕾满脸通红地否认了。
肖克来到化验室，从化验的结果看，肖克吃惊发现庄美美眼里的微缩胶卷是被南云取走的。肖克一行人追到梅山镇，探寻特务的行踪。但不幸被特务们发现，叶蕾被特务抓走，龙飞被我公安抓住。
双方协商在河边交换叶蕾和龙飞，肖克听了一下子火冒三丈，立刻带上龙飞来到山里。这时候他才意识到，原来叶蕾在他的心里已经是那么重要。我公安已做好战斗准备，在人质交换后，大部队上山围剿特务将他们一网打尽，大部分特务被抓，只有龙飞、梅香和黄飞虎在逃。
龙飞跟着黄飞虎、梅香等四人来到山洞，龙飞趁大家睡觉时，下了他们的枪，龙飞明确告诉黄司令和梅香他是公安，梅香愤怒而去，黄司令被龙飞押着回到指挥部，肖克终于明白龙飞的立场，他向龙飞伸出了双手。部队押解黄飞虎回城，途中遇冷梅，黄司令中弹身亡。枪是梅香开的，梅香自己也受了伤。
梅香死在了他爱的人龙飞的怀里。龙飞回到公安局。三号是谁?梅花组织还没有彻底消灭，梅花组织的三级行动是刺杀我军重要将领，这个行动的危害最大。这时梅花组织找到了隐藏的南云，为了掩人耳目，南云杀了弱行尼姑，她开始行动了。肖克和龙飞也来找南云，但是他们来晚了一步。
