施琅率战船于六月十六日到达澎湖，蓝理率领的先锋左营夺得八罩岛泊船港。施琅进军的战船很快在海上形成了多组品字形船队，号炮连天刘国轩拼命抵抗，由于潮汛原因施琅的战船被搁浅，刘国轩命令集中兵力向施琅帅船发起进攻，经众将军的全力拼命反击，施琅解危。首战澎湖海受阻，八罩屿锚地施琅命令将临阵退缩的詹六奇等人推出斩了，吴启爵建议让他们戴罪立功。
施琅率战船和水师二万多人屯结在八罩岛，饮水问题已经影响军心的稳定，施琅决定组织一支兵马挖井寻找新水源。当刘国轩还在开庆功会饮酒时候，天空突然打雷，六月一雷止九台，刘国轩大惊，自知完了。
六月二十二日，总决战时刻到来，交战双方投入的兵力、船员之众都是空前的。施琅的水师把海域都铺满了，汹汹而来。娘妈宫前水域炮矢纷飞，小火罐不时引发烟火，多艘舰船起火，双方炮击引发的硝烟和水气遮天蔽日，水柱冲天，双方将士不断有人伤亡，这一次施琅的水师勇威无比，战鼓声、喊杀声震天动地，刘国轩很快处于守势，节节后退。
刘国轩看看天空，更加大惊失色，施琅舟师借上风上水之势，踊跃攻来。施琅命令蓝里活捉刘国轩，看到无数无辜士兵战死，刘国轩不禁仰天长叹道：天丧我也，这是天意，下令挂降旗后举剑准备自杀，被赶到的蓝里救下。
海葵从澎湖返回台湾，令唐妃大吃一惊，海葵说与清廷对抗是鸡蛋碰石头，施琅礼貌接见了刘国轩等台湾官兵，希望以国家和民族利益为重，促成江山早日一统。吴启爵说：攻心有时比攻城更有威力。这些人受了优待，回去不但不会再与我们为敌，反会说我们好话，会瓦解士气。
澎湖兵败台湾一片惊恐，王室内部更是出现意见不和，冯锡范说：澎湖一仗，把我们的老底全赔光了，澎湖一丢，台湾的门户敞开，清廷不会承认我们另立乾坤，但我们独立了，外国就好说话了。冯锡范一面鼓动另立乾坤，另一面命令洪旭杀害姚云和施世骔，并派人将人头送到澎湖施琅大本营，施琅悲痛万分。
