为了清除吕不韦在秦廷的影响，秦王开始了一场声势浩大的逐客行动，其中李斯的名字也在册上。李斯绝望地离开咸阳，徘徊在函谷关口，这时，神秘的缭子又出现了。李斯一篇旷绝今古的《谏逐客书》不但为自己重新赢回了秦王的信任，也使秦王废除了愚蠢的逐客令，并从死牢中请回了韩国水工郑国。
秦王以国之大礼迎娶楚国公主阿若，合欢之夜却遭阿若回绝，理由竟是尚未拜见秦王母后。秦王取消逐客令让吕不韦的弟子们大喜雀跃，以为吕不韦又该重新出山了，唯有深知秦王性情的吕不韦却不以为然。秦王亲赴洛阳探访吕不韦，父子、君臣、师生一席倾谈，吕不韦坦然去了，秦王也遵嘱将母后迎回了咸阳。
秦王以大兵逼压，迫使韩王将秦王日夜倾慕的韩非子送往秦国为质，身为韩非同学的李斯唯恐秦王从此轻看了自己，利用韩非口吃的弱点巧妙地将他与秦王隔离。这样，韩非源源不绝的著述成了李斯辅佐秦王的灵感之源，而身为韩国王室子弟的韩非却注定随着韩国的灭亡早早退出了历史舞台。
秦军灭韩奏凯，秦王的下一个目标指向近邻赵国。秦王迫令在秦国做人质的燕太子丹修书燕王，合力攻赵，燕太子丹想以此为由离开秦国，但被秦王断然拒绝了。秦王尽发精兵三十万攻打赵国，却遭到赵国大将李牧迎头痛击，这时秦王又想起了不肯做官的缭子，在隐居之地见到缭子时，秦王惊奇地发现缭子正苦思一盘刻在石上的棋局。
秦王受缭子启发，布下离间之计，两军阵前，秦王与李牧又一次相见了。李牧断然拒绝秦王的劝降，却没想到赵王已经中计，将李牧阵前押回，处死于大狱。秦王身先士卒，以巨大的牺牲攻陷邯郸，终于带着母后回到了儿时居住过的院子，而此时的赵姬眼里，威严的秦王似乎又回复成了儿时赵政的样子。
秦王以武力攻占了邯郸，却无法征服不屈的赵人，为了立威于列国，秦王下令屠城，屠城令遭到他手下爱将和黎姜的反对，秦王一意孤行，邯郸城就此毁于一旦，漫天的屠城大火中，燕太子丹冒死逃回燕国。
燕太子丹私逃回国，正好给了秦王灭燕的口实。秦军兵临易水，燕太子丹合纵不成，转而以重金搜求勇武之士，图谋刺杀秦王。老侠客田光以死向燕太子丹举荐荆轲，荆轲成了太子丹座上嘉宾，这也招来了太子丹手下秦舞阳等人的忌妒。
阿若为秦王生下公子胡亥，由此更得宠爱，但有着深深故土情结的阿若却日夜忧虑着楚国的未来安危，她知道，以秦王的性情，世上恐怕没有任何人能阻挡他实现一统天下的目标。为了帮助荆轲，秦国叛将樊於期义无反顾献出自己的头颅。易水河畔，在高渐离激越的乐音里，荆轲踏上了前往秦国的不归路。
