小康熙看见鳌拜对自己戒心消除，认为是消灭鳌拜好时机，小康熙巧设计谋，不露声色地召集布库房的小太监们来到书房，让鳌拜以为他安于逸乐，不闻朝政，于是寄情摔跤，让这群小太监以戏耍角力为名擒杀鳌拜，韦小宝陪伴在侧，见机行事突袭鳌拜。在皇上受到鳌拜的威胁时，韦小宝一招撒香灰让武艺高强的鳌拜摸不着头脑，被众太监用金丝钩擒住。
小康熙召来康亲王和索额图，并讹称鳌拜带刀行刺皇上为由，将鳌拜欺君犯上的罪名监禁，并下令抄家，派索额图和韦小宝到鳌家寻找四十二章经。
索额图深知皇上用意，在鳌家这一老一小结拜为兄弟，假戏真做，收买心腹眼线。也将自己官场发财秘诀相授于年幼的韦小宝，韦小宝也意外地得到了锋利的宝刀及护甲衣两件宝物。
小康熙和小韦小宝将鳌家抄来的两本《四十二章经》送给皇太后，皇太后得知小宝擒拿鳌拜有功，升他为六品首领太监，但这时的小韦小宝正等待机会离开皇宫。
韦小宝得到太后赏赐，由宫女蕊初陪同小韦小宝吃蜜饯，小韦小宝乐在其中，对蕊初姐姐别有一番情义，约蕊初夜晚在后花院中一起吃蜜饯。
海大富准备动手杀了韦小宝之后，再去找皇太后讨说法。韦小宝见海公公入睡，悄悄起床要找宫蕊初约会，却被海公公拦下，逼问韦小宝说出是谁指使他潜伏在他身边的，是谁指使他毒瞎他的眼睛。海公公早就对韦小宝有疑心，每天在他喝的汤里下了毒，让他一天天的痛死过去，韦小宝抽出宝刀和海公公拼个死活，被海公公一掌打飞出门，海公公中刀发现小宝不见，没想到韦小宝有宝衣护身保住了性命，又来到慈宁宫找蕊初赴约。
海公公到慈宁宫告之太后有关顺治帝在五台山的消息，且查明瑞敬皇后及荣亲王是被太后所杀，于是双方大打出手，两败俱伤，小宝在一旁观战，得知了有关皇室的秘密，小宝乘机把海公公杀死，救下太后。皇太后为封韦小宝的嘴，封他做了尚膳司副总管，没上任太监就送来了第一笔银票。韦小宝决定在宫中多呆上几年。
韦小宝陪伴着康熙度过快乐的每一天……二人长大成年……
韦小宝和康熙来到儿时比武的练武厅中，韦小宝这些年来都不敢与康熙真得摔跤，他那求饶的奴才样激怒了康熙，康熙痛骂韦小宝，韦小宝任由康熙摔打都不还手，康熙伤心地自己打起了皮人，韦小宝看着伤心的康熙，想起了儿时的他们，为了让小玄子开心，决定再做回小桂子……二人又回到了童年，开心地摔打着……
鳌拜在牢中经常胡言乱语，康熙恐怕鳌之馀党反抗，暗示小宝将鳌拜消灭，当小宝正在暗杀鳌拜之际，巧遇天地会也前来刺杀鳌拜。韦小宝在误打误撞之下，将鳌拜杀死，却被天地会众人捉走。韦小宝看到天地会的英雄好汉将鳌拜首级祭祀亡灵时，搞不清楚是怎么回事，和天地会众好汉说起了他被掳进宫的事情，说起了茅十八……韦小宝怎么也没想到在天地会青木堂内能又遇到茅十八，才得以保住性命。
康熙知道韦小宝被捉，非常震怒，逼康亲王及索额图尽快寻回。
天地会誓言，谁杀了鳌拜谁就来做香主，这一时为争青木堂香主之位天地会的英雄好汉们没了主意，准备带着这个杀了鳌拜的清廷太监去见总舵主陈近南。
韦小宝见到陈近南有一种特殊的感觉，很乖乖地把实情都说了出来，陈近南得知韦小宝是个冒牌太监，正和他意，以免天地会兄弟之争伤了和气，陈近南召集天地会兄弟在尹香主的灵位前宣布收韦小宝为徒，并封他为青木堂香主。
韦小宝按照陈近南的安排回到皇宫，骗取了皇上。躲过了这一劫。
小宝藉词出宫打听鳌拜余党，乘机来见陈近南。韦小宝毒发，陈近南为他施内功逼毒出来，小宝感激不尽。奉陈近南之命继续回到皇宫卧底。
杀了鳌拜之后，康熙长大了，敢于想，敢于做，韦小宝的一切行动就尽在康熙的掌握中了，二人慢慢有了转变，形成了“控制”的关系，“君臣”关系真正确定了。
