阿珂被老和尚澄观救起，带到少林寺中养伤，韦小宝却受到了方丈大师和师叔祖们的审训，韦小宝说自己是因为自卫才不小心抓了她的胸部，并不是有意。
韦小宝要澄观师侄帮他破解阿珂姑娘的招数，澄观的回答让韦小宝伤透了脑筋，夜间，阿珂不顾伤口离开寺庙，在少林寺附近等待韦小宝出寺找他算帐，韦小宝因阿珂走后，无聊之际来到山下一所妓院，他内行的口调让妓院老板对他百依百顺，配合韦小宝男扮女装逃过阿珂和阿琪的双剑。
韦小宝躲在寺中不敢再出来，去向澄观师侄求助，二人一起偷偷出寺门，正好让在此等候多时的阿珂和阿琪撞上，澄观被迫和阿珂、阿琪动起手了，阿琪败在澄观手下，舍弃师妹阿珂先行离去，韦小宝将被澄观点了穴的阿珂抬进庙中，这让澄观不知如何应对。
韦小宝挑逗阿珂遭到阿珂的反感，本想乘机轻薄阿珂，阿珂却冷面相待，痛骂韦小宝是淫*【敏感词】僧。韦小宝一时不知如何应对，跪地面对佛祖发誓今生要娶阿珂为妻。韦小宝解开阿珂穴道却被阿珂刺伤。阿珂逃出寺庙，韦小宝伤心意绝。
阿珂师姐阿琪带着蒙古王子葛尔丹一行人来少林寺挑衅，要少林寺交出阿珂，吴三桂手下的杨溢之认出了韦小宝是桂公公，替他圆场化解了矛盾。韦小宝以他的聪明才智，令葛尔等人知难而退，只好离去。张康年传圣旨来到，原来康熙命令韦小宝上清凉寺当主持，实则是从少林寺绕个圈，再带些人去保护顺治，这样不容易引人注目。
韦小宝到山下接到双儿一起前赴五台山清凉寺，五台山的清凉寺被数千名道士包围，目的是活捉行痴大师(顺治帝)，小宝只好施行金蝉脱壳之计，假扮道士带行痴等人逃离清凉寺，半途碰到赶来微服出行的康熙。顺治经不起康熙的苦苦哀求，父子终于相认。
顺治亦将四十二章经的秘密告诉康熙，叮嘱他要做个好皇帝，便跟着玉林大师离去，康熙含泪目送父亲。
康熙在殿内参拜时，却遭来九难刺杀他，幸得小宝舍命相救，被九难劫走。小宝为了脱身，再次利用刺杀鳌拜之事说服九难。适逢每年三月都是明崇祯的死忌，于是九难便带小宝去京城，上煤山拜祭崇祯。
康熙未能找到小宝下落，怒责多隆和张康年，要多隆留下继续寻找韦小宝下落。启驾回京。
韦小宝带九难来到皇宫，九难没想到竟碰上昔日的宫女陶红英，原来九难师太就是长平九公主。陶红英将四十二章经的事情告诉了九难。九难入慈宁宫探个虚实。
九难逼问太后说出四十二章经的秘密，二人更大打出手，九难将太后的化骨绵掌尽数转移到她身上，太后为了自救，说出她不是真皇后，她是明代后人毛东珠，真太后已被她软禁。
九难和小宝又得到了建宁公主从康熙那儿偷来给太后一本四十二章经，九难仔细揣摩，发现四十二章经的封面内藏有细小羊皮，必须集齐八本才能并出完整地图，才能破得大清龙脉。
九难带着小宝来到崇祯陵墓，韦小宝没想到竟和阿珂在这里又相见了，还是九难师太的徒弟，韦小宝故意装做无辜可怜让阿珂责骂，九难看阿珂得寸进尺，制止阿珂来维护小宝，令阿珂非常生气。
小宝重遇阿珂开心不已，还说要娶她，令阿珂对他非常痛恨。阿珂三番四次被小宝轻薄，转告九难又被她责骂。阿珂骗取小宝替她摘取河中荷花，韦小宝跳入水中为阿珂摘花，露头时却见阿珂一把剑指着他，韦小宝使坏将阿珂拉下水中。
九难却因经书遭来喇嘛的追杀，韦小宝和阿珂赶回客栈，看到众喇嘛围攻九难师太，九难不敌，幸得小宝略施小计刺死三名喇嘛，不过九难已身受重伤。韦小宝带阿珂、九难逃走，在途中巧遇阿珂的朋友郑克塽，郑克塽说自己是台湾郑家二公子，更邀请九难共同赴河间府出席“杀桂”大典。九难答应和他一路同行。
