哈金斯气冲冲地来找莫采石，问为何找到的两个铁匣子都是假的，莫采石告诉他真的还在江湖上。
程慈航因欧阳倩的离去失落万分，找刘阿常借酒浇愁。刘阿常告诉程慈航报上说的是假话，其实只有一只假的铁匣子流落江湖，被程慈航追回。哈金斯追回的那只铁匣子不是仿冒的，但里面装的不是五九档案。
莫采石夜不能寐，打开屋内的保险柜，五九档案正在柜中。
霍蜜儿鼓励了程慈航，他重新振作起来。
程慈航找莫采石询问五九档案的下落，莫采石不肯说。
程慈航请刘阿常帮忙打听是谁把严达庆安排到茅山监狱工作。为了防止刘阿常泄露更多的秘密，莫采石派人暗杀刘阿常，被刘阿常躲过一劫。
刘阿常到莫采石处领罪，莫采石让他永远离开南京。
第二天，程慈航听到了刘阿常的噩耗。
程慈航看到溺死的刘阿常，在刘阿常身上他发现了一枚玉佩。
程慈航想到了那本《妙法莲华经》，他在刘阿常家中的经书里找到了严达庆在茅山监狱工作的档案，安排者果然是莫采石。
程慈航无意中发现莫采石送给他的钟并不是父亲的遗物。钟的底部是空的。原来莫采石一直在欺骗他。
程慈航通过在藏经楼和中央博物院发现的漆皮推测，五九档案就在藏经楼的藏经室里。
关天平向程慈航坦诚自己是中共党员，恳请程慈航加入自己的队伍。
霍蜜儿跑到霍然办公室拿走了蒋介石的手谕，另做了一张假的。
莫采石接到最高指令，他终于等到出手五九档案的这一天。霍然莫采石一致同意要让程慈航和霍蜜儿尽快完婚。
莫采石和哈金斯谈判，提出交出五九档案需要的军需品名单，并且让哈金斯安排程慈航霍蜜儿去美国。
李丽兰方捷找到程慈航，希望他能完成欧阳倩的遗愿。程慈航用自己的分析判断出，幕后主使一定是莫采石。
莫采石苦心隐藏的铁匣子不翼而飞。程慈航带来铁匣子，和莫采石做最后的摊牌。程慈航把案情整个来龙去脉分析了一遍，莫采石无话可说。程慈航以民族大义劝说莫采石帮助自己拿到真正的五九档案。莫采石将中正剑交给程慈航。他唯一的嘱托是，活下来。
哈金斯指责莫采石中止和美方交易。莫采石控制哈金斯，为程慈航的行动争取最后的时间。他举起手枪，结束了自己的生命。
灵谷寺藏经楼，程慈航和方捷穿着军装拿着中正剑取走了五九档案。霍蜜儿控制住父亲，也匆匆往藏经楼赶去。程慈航将铁匣子拿到手，却遭到了中田等人的伏击。霍蜜儿为了保护程慈航，被中田打死。程慈航手刃中田，为所有牺牲的同胞复仇。
五九档案作为日本军国主义的侵略罪证，公诸天下，正义最终得到了伸张。
