刘子妍找到石野藤，追问唐余锦的去向。石野藤假意威胁刘子妍，刘子妍毫不畏惧。石野藤欣赏她的胆识，便将唐余锦和美津秀子的决斗地点告诉了刘子妍。刘子妍大吃一惊。
唐余锦来到约定地点，与美津秀子展开决斗。唐余锦心魔初愈，只能靠盲射，他在黑暗凭借声音来辨别方向，终因枪法不稳，被美津秀子击落手枪，打倒在地，夺走了城防图。此时藏在暗处的日特现身，要杀了唐余锦，正要开枪，被及时赶到的刘子妍击毙。美津秀子急忙撤离。
美津秀子将城防图交给东山隆盛。
刘子妍将唐余锦带回桐封唐照顾。唐余锦醒来后告诉刘子妍，交给美津秀子的城防图上抹了气味独特的药物，利用狗可循着气味找到日特老巢，让刘子妍马上派人去找。
刘子妍来到藕雅斋，老丁还未回来，刘子妍让地下党立刻带着狗去寻找日特老巢。
复兴社，老姚得知唐余锦把城防图交给了日本人，现在秦永川又逃跑了，便决定把唐余锦抓起来做替罪羊。刘子刚试图阻止，老姚命王美凤看住刘子刚，不要让他捣乱。刘子刚无计可施，焦急万分。
秦永川来到三浦株式会社找东山隆盛。东山隆盛和美津秀子都吃了一惊，这才知道复兴社编造了秦永川的死讯。东山隆盛让秦永川查看图纸真假，没想到秦永川却说图纸是假的，并愤怒地将图纸撕毁扔进了垃圾桶。美津秀子认为又是唐余锦搞鬼，东山隆盛让她马上去找唐余锦，撬开他的嘴。石野藤却察觉秦永川表情有异。
此时地下党杀入三浦株式会社。会社一片混乱，东山隆盛命令手下销毁文件，准备撤离。此时东山和石野藤才发现秦永川不见了。石野藤赶去办公室查看，发现窗户打开，垃圾桶里的城防图也不见了。
石野藤追上秦永川，见他躲躲藏藏，形迹可疑，要上前查看。秦永川猛地把枪要射，被石野藤一刀砍翻。受了重伤的秦永川开枪逼退石野藤，趁机逃走。
唐母出殡，气氛悲伤。送殡的人群中唯独少了刘子刚，刘兆霖非常不满。此时刘子刚在复兴社办公室中被王美凤盯住，无法脱身。这时老丁找上门来，刘子刚十分诧异。
老姚率复兴社特工拦住出殡人群，说唐余锦叛国通敌，要把他带走，引发众人愤怒。双方正僵持不下，悲痛的唐余终于开口，表示愿意跟复兴社走，并将唐母的遗像交给刘子妍。众人悲伤不已。这时美津秀子率日特杀到，双方枪战，一片混乱。
刘子妍带着唐余锦躲进小巷，美津秀子尾随而至，打伤刘子妍，逼唐余锦交出城防图。唐余锦不解，被逼得怒火中烧，又见刘子妍受伤，终于突破最后一道心魔，开枪打跑了美津秀子。
唐余锦抱着刘子妍要回诊所救治，被老姚阻拦。正僵持间，老丁及时赶到，将城防图交给老姚，并要带他去见一个人。老姚诧异万分。
老丁带老姚见的人正是秦永川，此时他已死亡，刘子刚也在场。老丁将真相告知老姚和刘子刚：之前老丁一直在安全屋外盯着，那晚见秦永川逃脱，便将其拦下，坦言可以帮助他;老丁找来秦永川的老母亲，对其晓以大义，秦永川终于悔悟，愿意和老丁合作;后来秦永川假装去找东山，又谎称图纸是假的，骗过东山等人，然后趁乱带着城防图逃离，没想到被石野藤察觉，负了重伤，等他将图纸交给老丁后，终于伤重不治。老姚恍然，对老丁表示感谢。刘子刚询问唐余锦，老姚说受了点伤，刘子刚急忙赶去探视。
桐封唐内，唐余锦已给刘子妍做完手术。刘兆霖让唐余锦照顾好刘子妍，和刘子刚离去。罗小虎察觉鲍满春“移情别恋”，似乎对刘子刚有了好感，鲍满春不愿承认。
复兴社内，老姚正要将城防图送回南京，蒙面石野藤杀入，将图纸夺走，交给了东山隆盛。东山隆盛十分意外，问石野藤如何找到。石野藤坦言早就发现秦永川不对劲，推测他会把城防图交给复兴社，便潜入复兴社，夺回图纸。
桐封唐，刘子妍醒转。唐余锦告知她因肩部受伤，无法承受后坐力，以后可能无法再打狙击枪。刘子妍悲伤不已，说黑羿没了。唐余锦安慰她，说黑羿可以是任何人，他永远不会消失。
罗小虎心急火燎地赶到诊所，告诉唐余锦图纸又被日特抢走，正要运去吴淞口外的日军军舰上。此刻的唐余锦已脱胎换骨，他决定扮成黑羿，夺回城防图。
东山隆盛正要派人将图纸送走，黑羿赶到，神准的枪法击杀了数名日特，夺回图纸，成功地震慑了日特。
复兴社中，丢失了城防图的老姚面如死灰，正决定自杀谢罪，忽听敲门声。老姚开门，看见地上的城防图，图上还放着黑羿的令牌。
一代枪侠黑羿又回来了……
夜晚，黄石岛小渔村，一个黑衣人将神秘的液体倒入水井中，悄然离去。
第二天，来渔村探望姥姥的阿宝去水井打水。回到姥姥家中，阿宝喝完一口井水，便和姥姥告别，准备回上海。
桐封唐，唐余锦看到报纸上写着知名华裔药商叶振元携女叶莎莎回国探亲的新闻，有些意外。
火车上，叶莎莎不解父亲为何要找唐余锦来帮忙研制超级抗生素D6511。叶振元坦言唐余锦是个天才，当年他的博士论文与D6511的方向非常吻合。言语中对唐余锦十分有信心。叶莎莎不放心把珍贵的研究资料交给唐余锦，要和唐余锦一起研究。叶振元答应帮她争取。
罗小虎带着阿宝回到桐封唐。唐余锦十分高兴。
火车上，叶莎莎问叶振元是否真的打算把D6511卖给共产党。叶振元说不信任国民党，又说已和共产党联络上，会有人去车站接他们。叶振元提醒叶莎莎最该防备的还是日本人，因为日本人对D6511垂涎已久。这时装扮成列车员的刘子刚来换水，偷偷瞥了装有研究资料的密码箱一眼。原来复兴社早有部署，要偷走叶振元的研究资料。
火车到站，复兴社的人故意制造混乱，王美凤用掉包计偷走了叶振元的密码箱。这一切被一路跟踪叶振元的日本特务冈仓英崎看在眼里，他趁王美凤不备，将其打晕，抢走了密码箱。
叶振元和叶莎莎出站，老丁前来迎接，带他们去住处休息。冈仓英崎拎着密码箱，躲在隐蔽处看着他们离去，露出一丝冷笑。
老丁带着叶振元等来到住处，刘子妍负责保护两人。叶振元急着要见唐余锦，刘子妍愣住了。
复兴社，老姚痛骂行动失败的刘子刚。刘子刚保证找回密码箱。王美凤前来报告，说叶振元住在和平饭店。老姚让刘子刚立刻前往和平饭店，并悄悄嘱咐王美凤，盯住刘子刚，不要让他感情用事。
冈仓英崎带着密码箱找到东山隆盛，将他执行多年的计划告诉东山隆盛，并要求东山将资料拍照记录，说还要将资料还给叶振元。东山不解。冈仓英崎说实验还没有完成，所以资料还得送回去，让叶振元继续完成这个堪称伟大的抗生素实验。又说叶振元来上海是要找一个人完成D6511的实验。冈仓英崎又问情人美津秀子的去向，东山说秀子去南京执行任务，过几天回来。
刘子刚和王美凤潜入和平饭店，在叶振元房中布置了监听器。
刘子妍带着叶振元叶莎莎找到唐余锦。唐余锦因大学时期的导师和叶振元有恩怨，拒绝了叶的提议。刘子妍劝说唐余锦，重情重义的唐余锦依然不为所动。叶振元等失望不已。叶莎莎与唐余锦发生争执，被叶振元制止。叶振元依然不死心，把D6511的资料留下，让唐余锦随意查阅。
阿宝开始咳嗽，唐余锦有些担心。阿宝让唐余锦放心，唐余锦离开后，阿宝竟咳出血来。
东山宴请冈仓英崎，谈及往事。原来十六年前被黑羿射杀的冈仓正雄正是冈仓英崎的父亲。冈仓英崎此次来上海，也是要替父亲报仇。东山隆盛把美津凤子介绍给冈仓，冈仓给凤子一把口琴，让凤子交给姐姐秀子。
冈仓和东山离开时，日特赶来通报已查到叶振元的住处。冈仓决定前往，将密码箱交还给叶振元。
和平饭店，刘子妍和叶振元叶莎莎回到房间。负责监听的刘子刚听到妹妹的声音，大吃一惊。叶莎莎看出刘子妍和唐余锦关系暧昧，刘子妍略显尴尬。叶振元让刘子妍帮忙劝说唐余锦。
桐封唐，唐余锦面对资料密码箱，心痒难耐，终于忍不住打开密码箱，却发现箱中竟是一堆废报纸，愣住了。
冈仓英崎悄然来到饭店，将密码箱放在叶振元房间门外，敲门后离去。监听的王美凤急忙叫醒刘子刚，刘子刚赶去查看。刘子妍开门看到密码箱，愣住了。
冈仓英崎离开饭店，刘子刚随后跟出，追了过去。
刘子妍以为是唐余锦送回了密码箱，并说唐余锦这样做，是彻底断绝了合作的可能。叶振元失望不已。
刘子刚一路追踪冈仓英崎，终被其逃脱。刘子刚回到饭店。王美凤说从叶振元和刘子妍的对话判断，是唐余锦送回了密码箱，而且箱中确实有资料。刘子刚大惑不解，说袭击王美凤夺走密码箱的肯定不是唐余锦。
桐封唐诊所，唐余锦听到阿宝剧烈的咳嗽声，急忙跑去查看，却见她咳了一大滩血在床上。唐余锦急忙给阿宝抽血化验，发现了奇异的病理特征，是一种从未见过的病菌，具有强烈的传染性。唐余锦惊呆了，急忙把阿宝送入隔离病房。
罗小虎去隔离病房探望阿宝。唐余锦看见后，大惊失色，急忙将罗小虎赶出病房。唐余锦的失态让罗小虎摸不着头脑，直骂他疯了。
唯有唐余锦心里明白，阿宝身上潜藏着一种非常致命的可怕病菌，无法预测的危险才刚刚开始……
唐余锦安慰阿宝，阿宝却还顾虑会无人照顾唐余锦兄妹，唐余锦心中感动，强忍泪水。
罗小虎找鲍满春诉苦，说唐余锦疯了。鲍满春却提不起兴趣。罗小虎越发确信鲍满春“移情别恋”刘子刚。鲍满春不承认，便说要去找唐余锦。
鲍满春找到唐余锦，询问缘由。唐余锦坦言阿宝的病很奇怪，如此发展下去，恐怕撑不了多久。又说可能会传染。罗小虎吓坏了。唐余锦忽然想起叶振元的超级抗生素D6511，可能对治愈阿宝的病有用，决定要去找叶振元谈合作。
和平饭店中，失望的叶振元决定离开上海，并将研究资料送给了老丁。
王美凤监听到这个情况，决定前往拦截，刘子刚不答应。王美凤竟命人将刘子刚绑在椅子上，限制他的行动，说是奉命行事。刘子刚又气又急。
叶振元等离去后，王美凤带人追了过去，一直在饭店外监视的冈仓英崎也跟踪而去。
唐余锦和鲍满春、罗小虎赶到饭店，得知叶振元已退房离去，愣住了。三人正要离开时，鲍满春隐隐听到刘子刚挣扎的声音，便踢门而入，果然看见被绑的刘子刚。
王美凤带人将叶振元的车子拦住，老丁下车谈判，双方言语不和，举枪对峙。僵持间，不远处观望的冈仓英崎开枪搅局，老丁趁机开车带叶振元离开。王美凤正要追去，刘子刚和唐余锦开车赶到，说叶振元暂时不会离开上海了，不用再追。王美凤不解刚才开冷枪的人是谁。
两个特工追击冈仓英崎，被其干净利落地干掉。
车内的老丁受了枪伤，晕死过去。刘子刚和唐余锦及时赶到，将老丁带回诊所救治。刘子妍得知阿宝得了怪病，可能不治，十分震惊。鲍满春告诉叶振元，唐余锦为了救阿宝，决定要和叶振元合作研究D6511。
给老丁做手术的唐余锦十分专注，颇有魅力。叶莎莎看在眼里，心动不已，大胆的对唐余锦表达仰慕之情。唐余锦无可奈何。
手术成功后，为了防止被阿宝的怪病感染，唐余锦让刘子妍送老丁去医院休养。两人各自安慰对方，情深意切。叶莎莎看在眼里，若有所思。
鲍满春打电话找刘子刚，被唐余锦看见，猜出她的小心思，便旁敲侧击地引导她。
老姚得知唐余锦答应和叶振元合作，逼迫刘子刚在友情和党国利益之间做出选择。刘子刚不愿答应。老姚威胁要公开刘子妍地下党身份，刘子刚急了，被逼无奈，只得答应将唐余锦和资料带回复兴社。
桐封唐，唐余锦看完资料，说有七成的把握可以成功。叶振元给唐余锦提供最新型的离心机，配合实验。
冈仓英崎得到情报，显示叶振元要和唐余锦合作研制抗生素。东山隆盛把唐余锦的情况说了一遍，让冈仓英崎小心这个人。冈仓英崎决定去桐封唐会一会唐余锦。
鲍满春一直在桐封唐等刘子刚，被罗小虎看出心思。刘子刚率复兴社特工来到桐封唐，冷着脸不理会鲍满春，心中自有苦楚难以言说。复兴社强行将唐余锦和研究资料带走。叶振元气恼异常，晕了过去。鲍满春决定去找刘子妍帮忙。
医院病房，老丁让刘子妍暂时接替他的工作。鲍满春匆忙赶到，告知刘子刚抓走唐余锦。刘子妍和老丁都愣住了。
冈仓英崎潜入复兴社，偷听唐余锦和老姚的对话。唐余锦假意答应和复兴社合作，要求看资料。老姚答应了他的要求，说明日就送他去南京做研究。冈仓英崎听到这个消息，立刻转身离去。
老姚让王美凤看住唐余锦和资料，并强令刘子刚暂时不得踏入复兴社。
刘子妍来到复兴社找到刘子刚，质问他，刘子刚有苦说不出。鲍满春替刘子刚打圆场。刘子妍决定明天带美国领事馆的人和记者来救唐余锦，又将老丁受伤一事告诉他。
鲍满春陪刘子刚去探望老丁。两人路上交谈，刘子刚觉得鲍满春有所变化，开她玩笑。鲍满春恼他不解风情。
夜深人静，唐余锦还在复兴社办公室中看D6511的资料，快速阅览，十分专注，谁也不知道他到底想干什么……
